Khoa Khoa học Quản lý được hình thành và phát triển trong một môi trường đào tạo có uy tín của Việt Nam cũng như trong khu vực là Trường Đại học Khoa học Xã hội và Nhân văn, Đại học Quốc gia Hà Nội – tiền thân là Đại học Văn khoa Hà Nội (thành lập theo sắc lệnh số 45 do Chủ tịch Hồ Chí Minh ký ngày 10/10/1945), tiếp đó là Trường Đại học Tổng hợp Hà Nội (thành lập ngày 05.06.1956).

Khoa học quản lý đã và đang chứng tỏ là một ngành học có ý nghĩa về cả lý luận và thực tiễn. Đây là ngành học được Nhà trường sớm quan tâm, đầu tư và tạo điều kiện để phát triển, giao cho Khoa có nhiệm vụ nghiên cứu chuyên sâu về Khoa học quản lý và đào tạo nguồn nhân lực quản lý các cấp phục vụ sự nghiệp xây dựng và phát triển đất nước. Trường Đại học Khoa học Xã hội và Nhân văn đã bắt đầu đào tạo đại học chuyên ngành Quản lý Xã hội từ năm 1995 và đào tạo cao học chuyên ngành Quản lý Khoa học và Công nghệ từ năm 1999, bắt đầu xây dựng chương trình đào tạo về sở hữu trí tuệ từ năm 1999. Đây là những cơ sở tiền thân để phát triển Khoa Khoa học Quản lý ngày nay. Trước đòi hỏi của đất nước đối với nguồn nhân lực quản lý, ngày 30/9/2002, Giám đốc Đại học Quốc gia Hà Nội ký quyết định số 652/TCCB  thành lập Bộ môn Khoa học Quản lý trực thuộc Trường Đại học Khoa học Xã hội và Nhân văn, trên cơ sở hợp nhất Bộ môn Quản lý xã hội (thuộc Khoa Triết học) và Bộ môn Khoa học luận (thuộc Khoa Xã hội học). Sau đó, vào ngày 11/8/2006, Giám đốc Đại học Quốc gia Hà Nội đã ký quyết định số 782/QĐ-TCCB về việc thành lập Khoa Khoa học Quản lý. Khoa có chức năng, nhiệm vụ chính là đào tạo đại học, sau đại học và nghiên cứu khoa học về lĩnh vực khoa học quản lý: quản lý khoa học và công nghệ, quản lý nguồn nhân lực, chính sách xã hội, quản lý sở hữu trí tuệ, quản lý hành chính công và chính sách công.